Right now Nuitka is a good replacement for the Python interpreter and compiles every construct that all relevant CPython versions, and even irrelevant ones, like 2.6 and 3.3 offer. It translates the Python into a C program that then is linked against libpython to execute in the same way as CPython does, in a very compatible way.
А это тоже ложь. Ничего ни кто не подсовывает. Софт если хранит настройки в Program Files, то там он и остается их хранить, другой вопрос, что такой софт не может их там сохранить без прав админа. Но так или иначе, винда не может ничего ни кому подсунуть. Откуда вы вообще такого понабрались?