1. Потому что надо использовать noConflict
jQuery(document).ready(function($) {
App.Nav();
App.Faq();
});
2. Вообще загружать свой jQuery - плохая практика, лучше загружать родной, который идет вместе с WordPress (именно из папки wp-includes). Иначе вы рискуете, что какой-то плагин подключит его повторно. Проще всего указать jQuery в качестве dependency
function enqueue_scripts() {
wp_enqueue_script( 'fotorama', get_template_directory_uri() . '/bower_components/fotorama/fotorama.js', array('jQuery') );
wp_enqueue_script( 'application', get_template_directory_uri() . '/javascripts/application.js' );
}