Я думаю, что MC показывает не количество свободного места, а то, сколько места было свободно минус то, что вы удалили. Поэтому вывод df -h может быть показывает то же самое.
В том числе вы могли удалить файлы, которые в данный момент используются системой. Если удалить большой лог файл, который использует Apache реально место освободится только тогда, когда вы перезагрузите Apache.
Возможно картинки чем-либо использовались или по какой-то причине залипли хенлдеры.
Также можно попробовать сделать tune2fs -m 4 /dev/sda1 но не уверен, что это сработает на рабочем разделе.
Попробуйте перемонтировать систему mount -o remount,rw /
Также можете удалить какие-либо лог-файлы из /var/log с последующей перезагрузкой соотвествующего сервиса.