У меня два домена в этой зоне и единственная проблема, которую я пока обнаружил - скайп в чате не подсвечивает адрес как ссылку. А по поводу индексации поисковиками, вы бы еще спросили, как поисковики относятся к бесплатным CMS.
Технических различий ноль. Разница в количестве символов(один), самих символов(первая буква одинакова в обоих случаях) и моральном восприятии - клуб - это клуб. Ком - это привычный сайт.