1. Бумажки и отписки - это только доказательство того, что вы знали о том, что используется пиратский софт. Поэтому лучше никаких бумажек.
2. Крайним будет всегда ген.дир, как руководитель предприятия (штраф или срок сидеть ему). Со-кастером может сделать Начальника ИТ (или админа, если первого нет).
3. По факту ставить вопрос перед руководством. Урезание прав, блокировка юсби, чтобы не приносили portable версии. Ограничение интернета. Ну и ежемесячный скан рабочий станций и т.д. Если вам отказывают - то валить, других вариантов нет.
4. Если к вам приехали с проверкой - это 100% было заявление/донос/жалоба и т.д. Никаких выездных случайных проверок не бывает. У ОБЭП и прочиъ органов и без того работы выше крыши, поэтому если к вам приехали с проверкой, можете смело полагать на вас написали заявление.
P.S. А по сути, если админ задается таким вопросом, то уже стоит валить.