Сделайте explain analyze и посмотрите. Опционально запихайте на
https://explain.tensor.ru/
Скорее всего дело в том, что "MessageTable"."chatKey" LIKE '%2555%' в принципе не может использовать индексы (по своей природе), а операций чтения нужно намного больше. Ну и записи при вставке.
Кстати, иногда эффективнее удалить индексы, вставить данные, добавить индексы, но это не всегда возможно. Да и не всегда эффективнее кроме, разве что, случая обновления бОльшей части таблицы, нужно проверять.