Здравствуйте,
Есть несколько моментов, связанных в вашей ситуацией. В первую очередь, каким образов вы удаляли apache/устанавливали nginx? Посредствами панели, либо вручную? Раздел "www домены" пропал именно потому, что в конфигурации ISPmanager больше нет правильных записей для управления конфигурациями веб-сервера. К сожалению, панель управления не умеет гибко работать с пользовательскими настройками, сделанными не через ее интерфейсы.
С другой стороны раздел "Доменные имена" управляет другой службой - DNS сервером named. В данной ситуации: а) проверьте, что BIND (named) на вашем сервере запущен б) если вы используете наши серверы имен, проверьте, переданы ли записи DNS в наш DNSmanager (см. инструкцию об открытии услуги).