Модель в ключе MVC Это просто собирательное от бизнес логики скорее. По сути в Symfony вся логика должна храниться в сервисах.
Entity — это просто как структура данных, сама она логикой тоже может обладать, но минимально, так как ей не доступны сервисы.
Model в контексте форм — это что-то типа Data transfer object, то бишь некий объект, который содержит данные в нужном формате. В большинстве случаев моделью для форм являются сущности.
Контроллеры это просто контроллеры, тут все раскрыто довольно хорошо в документации.
Логику же, если по хорошему, нужно выносить в сервисы. Почти все можно вынести из контроллера в ивент листенеры, отдельные служебные сервисы, хэндреры форм (для дедублицирования кода в контроллерах, правда не часто помогает). Словом, тут все очень и очень зависит от проекта. Но сущность должна только хранить данные, и никак их не изменять. Можно только дополнительные геттеры писать, которые производят небольшие манипуляции с данными.