Fastto

Начинай сразу с objective-C, с реального приложения. Нет ничего хуже, чем отсутствие заинтересованности, даже если сейчас чешется, удержать это ощущение на долго не получится, а живой проект будет отличным мотиватором.
Язык — это лишь способ реализации определенных задач, если цель твоя iOS — просто глупо начинать с C. Я лично не вижу ни одного «за». А глубокие материи ты и на С все равно так вот сразу не познаешь, все прийдет с опытом.

Из литературы посоветую — Фаулер «Рефакторинг. Улучшение существующего кода.» — поможет сразу писать код более правильно и ускорить процесс «вникания в высшие матери»

первый вариант — напишите собственный обфускатор — эффект будет лучше, если хотите пример, стучите в личку
второй вариант — вынести часть кода в расширение php — например рендер определенных виджетов, в общем по ситуации
третий вариант — кодирование интерпретируемого кода, декодирование происходит функциями расширения php, при этом кодированный код перед этим еще и обфусцирован, а так же часть прикладной логики вынесена отдельными классами/функциями в расширение. Не панацея, но 95% желающих хакнуть отсечет, а кому очень нужно получить ваш код, получит его все равно.

Математика — у нас на математике не завился никто, кто мозгой, кто деньгами, но сдали все…
На практике пользуюсь математикой достаточно редко, чаще всего это базовая геометрия, базовая алгебра, вышка 1-й курс и теория вероятности. Освоить это самостоятельно не считаю трудным, в крайнем случае всегда можно нанять репетитора. Было бы желание. Если склад ума технический, осилишь, ну а если тупо лень что-то делать, а при этом хочется что-то получить — или в армию или на физкультурника.

недавно кто-то хотел на php сделать «карточки» для изучения английского, но передумал, дерзайте :) пара таблиц, минимум верстки. Или придумайте что нибудь интересное, чтобы заинтересованность не пропала сразу же — например игра в крестики нолики с сохранением результатов в БД — далоать поэтапно, заодно и стили и js и php и sql потрогаете.
Ну или в конце концов, самое легкое и полезное, что можно придумать — это запрограммировать какой нибудь психологический тест в несколько шагов — т.е. каждый вопрос — это новая страница.

Добавлю к предложенным svn и git еще одну систему контроля версий — sourceSafe от microsoft.
Из плюсов — если Вы работаете в MS Visual Studio, можно работать с репой прямо из студии. Можно также блокировать файл от любых изменений другими участниками до снятия блокировки Вами или админом, в общем свои плюшки, как и везде, есть.