Только лучше не по отдельности скрипты подключать. а использовать
бандлы, если, конечно, используете asp.net mvc 4 и выше.
А так надо четко осознавать, для чего нужны конкретные скрипты и где они могут понадобиться. Если везде - то _Layout, если нет, то лучше иной раз _Layout не перегружать, а вынести в отдельную секцию скриптов