Антон

$res->items[0]
Так выж явно ключ указываете, он Вам первый и показывает

Если у Вас есть база, начните разбираться с ООП, поймите что из себя представляет MVC.
Как поймете хотя бы базовую его суть, попробуйте фреймворк и сделайте что-то простое - Блог, например.
По ходу работы будут возникать вопросы, но тут как раз и куется оно заветное, что называется опытом.
Когда станут понятны внутренности сайта, как и что строится, как делаются хотя бы те же роуты и т.п., реализовывайте сие на ванильном пыхе.
Фреймворк дает Вам удобный инструментарий для работы, рассматривать его как что-то ацкоенипанятное не стоит.

nth-child, по data атрибутам
https://jsfiddle.net/tusznf9g/

Передавайте хэшем, /page3.html#textid1 или GET'ом - /?id=textid1

MindManager, если нужно сделать карту - весьма помогает.

Аяксом. Контроллер получает входные данные фильтра, по ним обращается к модели, дергаются нужные позиции, ну и отправляются обратно в контроллер, а там дальше - фантазия.

Загрузить круглые картинки

По клику на сабмит, отправляете аякс постом на обработчик, в обработчике в зависимости от условия отправляете ответ обратно через json_encode , и с полученными данными уже на стороне js делаете что хотите

Аяксом...по клику обращаетесь к каждой последующей странице пагинации, берете ее контент и аппендите в блок.

Берем скриптом текущий адрес страницы и берем адрес указанный в ссылке, если они равны, то к этому пункту меню проставляем класс active

Грубый набросок

<? $ii = 6; $i = 0; ?>
	<? while ($i < 6): ?>
		<? if($ii % 3 == 0) :?>
			<article style="position: absolute; width: 100%; opacity: 0;"> 
		<? endif;?>	
		<div class="block">
			<h1>Заголовок</h1>
			<p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit. Sit facilis magnam ratione. Dolores maiores consectetur distinctio molestiae veniam, non minima ducimus voluptatibus, eum doloremque illum vero architecto harum commodi quas.</p>
		</div>
		<? if($ii % 3 == 0) :?>
			</article>
		<? endif; ?>
	<? $ii--; ?>
	<?  $i++; ?>
	<? endwhile;?>