А обязательно в Яндекс.Картах?

Есть такая штука, Turf.JS - JavaScript-библиотека для пространственного анализа. Работает с данными в формате GeoJSON.

Там можно найти пересечение двух полигонов, а потом посчитать площадь полигона А и полигона пересечения. Найти из них проценты - простая арифметика.

Есть сервис CartoDB.

Нужно импортировать вашу таблицу (список поддерживаемых форматов здесь), затем создать карту с типом Bubble.

Вообще, документация: docs.cartodb.com/cartodb-editor

Ещё один плюс этой платформы: подложки для карты сделаны на основе данных OpenStreetMap (точно так же, как MapBox использует OSM для своих подложек).