Эдуард

Возможные проблемы (список не исчерпывающий):

• Проблема в ПО
  А Вы не пробовали показывать GeoJSON встроенными средствами Leaflet?
  leafletjs.com/examples/geojson.html
  
• Проблема в данных
  Попробуйте скачать границы с https://osm.wno-edv-service.de/boundaries/ Там внизу можно выбрать формат и отметить, будет ли пролегать граница по берегу или включать полосу моря вдоль берега. Единственное, для использования этого сервиса нужно иметь аккаунт на openstreetmap.org (регистрация совсем не сложная) и залогиниться с его помощью по кнопке "Enable OAuth" вверху справа.
  И на будущее, если будете обновлять у себя границы, лучше качать оттуда, а не с Overpass.
  

А обязательно в Яндекс.Картах?

Есть такая штука, Turf.JS - JavaScript-библиотека для пространственного анализа. Работает с данными в формате GeoJSON.

Там можно найти пересечение двух полигонов, а потом посчитать площадь полигона А и полигона пересечения. Найти из них проценты - простая арифметика.

Нужно сделать scrollWheelZoom = false
leafletjs.com/reference.html#map-scrollwheelzoom