DuD

Хеш функция всегда возвращает один и тот же ответ при одних и тех же входных данных.
Смотрите как у вас пароль хешируется прежде чем кладется в базу. Возможно используется "соль". Поищите рядом с полем хеша пароля, поле salt или подобное. Ну и в общем без алгоритма хеширования, говорить особо не очем

Так через инсталлятор и создается RAID через mdadm

Попробуйте APM вроде NewRelic и тп.

Покажите конфиг Nginx.

P.S. Оффтоп конечно, но в 2017 сертификаты уже не покупают, есть же letsencrypt :)

По какой причине nginx отдает 400? Нужны подробности из логов.

Могу ошибаться, но похож на Go.

А почему бы просто за 100р не зарегать свой домен и не плодить на нем домены 3го уровня сколько влезет?
SSL сертификат можно взять так же бесплатный от letsencrypt

Вопрос не совсем понятен.
Вы просто запускаете скрипт. Потом качаете что-то с sftp. Потом снова запускаете скрипт. Обычный однопоточный сценарий. Может у вас условия какие?

Поставьте Redis и по крону лейте в него последние данные из бд. Забирайте из редиса тем же php. Смысл плодить зоопарк технологий не понятен.

Полностью покажите лог. Не понятно с какими данными ломится клиент. Какая логика часть урлов скрывать, но к примеру

'SERVER_NAME' => 'nyaki.ru'

оставлять??!

Если пробуете в офисе или недалеко от офисных зданий, проверьте чтобы вам deauth пакетов не прилетало. Сейчас популярная технология все чаще встречается. Суть в том что при обнаружении чужеродной wifi сети, всем ее клиентам посылается deauth пакет и соединение рвется.

Включите error лог nginx и посмотрите что будет в нем.

Правьте таймаут в /etc/default/grub

rundeck или jenkins. - примеров давать не буду, ибо это просто запускалки команд\скриптов. Если вы можете написать скрипт который выполнит эту задачу, то на этих системах сможете этот скрипт запустить.
По поводу rundeck, не бойтесь джавы, там простейший иснталятор.

Nginx+php-fpm, каждый пул php-fpm от своего юзера.
Ну или Docker.

--app-shell-host-window-size ⊗ Size for the host window to create (i.e. "800x600"). ↪

А вообще, вот весь список:
peter.sh/experiments/chromium-command-line-switches

Самое простое это перейти на nginx+php-fpm. Голый апач совсем не производителен как его не настраивай.