Зависит от того что и как Вы будете делать
При стандартном обновлении ничего не удаляется
При переустановке без форматирования диска - данные переносятся в папку Windows.old
А вообще - любые такие операции связаны с риском потери данных. Пэтому обычно делается бэкап. Как и куда (купить внешний винт,облако, еще что то) решать Вам
Я за облако. Это надежнее чем внешний винт