Drno

Скачайте с момощью download master
Выкачайте по sFTP подключившись к серверу через filezilla
Выкачайте через rclone

Конечно это всё не решит проблему со скоростью, но с докачкой файлов решит

Nginx reverse proxy
Все запросы на него, разные домены/поддомены
А он уже переадресовывет на нужную виртуалку

Да, отдельная ВМ. Или прям на сервере, как хотите

Ну у меня на серваке работает KVM и docker,.. проблем нет.
но у меня ресурсов достаточно, KVM всё не забирает

В проксмокс тоже можно так сделать, там же дебиан голый. Но наверно лучше виртуалку развернуть и засунутьв неё докер. Или лучше даже LXD контейнер

В идеале сумарное количество ядер должно соответствовать реальному ЦП

Иначе машины буду обрабатываться поочередно при макс нагрузке

Удалить гостевые дополнения из винды
Сделать образ системы с помощью clonezilla или r drive image (ну я этими пользуюсь)
Создать на Проксмокс машину с похожими настройками(я про биос)
Развернуть образ из бэкапа.

Такой вариант обычно всегда срабатывает

А чем отличается по вашему облако яндекса от проксмокс?
У вас проблема с чем - с проксмокс или с контейнерами внутри?
Контейнеры достаточно просто бэкапить собственно...

Если папки с этим диском не читаема - то никак.

Proxmox = KVM. Мож диск и подключится к КВМ, но я сомневаюсь, раз он не читается

Мое личное мнение.
Во первых - при переходе на виртуалки, Вы потеряете в производительности дисков.
Во вторых - опенсорс работает почему то надежнее платных аналогов(сугубо по моим наблюдениям)
KVM начинался как опенсорс, но с учетом что его используют по всему миру в вируализации, и зарабатывают на этом деньги, сами понимаете, работает он нормально.

У меня лично крутится имеено он не первый год, правда под другие задачи. Особых проблем не было.
Proxmox - это по сути "веб конфигурялка", для тех кто не может по другому настраивать. Но отсюда же и меньшая гибкость. он по мойму основан на debian, когда как KVM разрабатывался под redhat (если не ошибаюсь) У меня kvm работает на centos

Насчет бэкапов - ОБЯЗАТЕЛЬНО!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! используется RAID!!!!!!!!!!!!!!! 1 хотя бы.
И ОБЯЗАТЕЛЬНО!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! делаются бэкапы - суточные, недельные, итд
А то диск помрет внезапно, и останетесь без ничего, ну или с прошлым днем бэкапом)
Хотя конечно зависит от количества сменяемой инфы.
Я всегда на продакшене использую raid

А все ли нормально с 1с и её базой данных? Может там логи выросли до нехреновых размеров, тупо не хватает оперативки виртуальной машине...(предположение).

На русском есть частичто только How to...
Так тчо ставим и разбираемся)