Я вариант с таким клонирование использую только под кучу клиентских ПК (миниПК) с опр настройками и набором софта. Компы все разномастные, но клонезилла справляется, правит и fstab сама и прочее необходимое.
В плане сервера - разворачиваем мини-iso руками, далее настраиваем под задачу(руками, скриптами, если часто,много), далее уже переносим инфу туда и сервисы. После окончания синх рейда)