Так. Исходи из твоих вопросов советую следующее
Отключи 1 диск, поставь винду. В установщике можно будет удалить разделы.
После
Отключи диск с виндой, вставь подключи другой. Поставь убунту
После
Подключи оба диска, по f11 выбирай с какого загружаться