Я надеюсь, коммиты хоть делали-то?
Если да - из текущей папки проекта просто делаете git push.
Если вообще локальная копия без git - клонировать удалённый репозиторий, потом снести содержимое локальной копии кроме, собственно, папки .git и закинуть новые файлы, после чего добавить всё в новый коммит и тот же git push.
