Можно попробовать использовать либу для потокового парсинга json halaxa/json-machine. Она вам поможет убедиться что проблема не в парсинге, а в структуре базы
Нигде. В пакете описываете интерфейсы для хранилища из которого будете данные собирать, и хранилища в которое данные будете класть. А уже клиент пусть заботится о реализации исходя из своих предпочтений.
Хранение описанное в вопросе - похоже на кеширование, так что можно попробовать использовать psr/cache интерфейсы.
Хотел бы дополнить ответ выше - переписывать код непосредственно из-за переезда с PHP 7.0 версии не придётся. Но обновление PHP может повлечь за собой обновление других библиотек, интеграция или интерфейсы которых за эти годы могли уже поменяться.
Но даже в таком случае первый вариант должен быть в приоритете - на актуализацию кодовой базы закрывали глаза уже 4 года, не стоит усугублять ситуацию.