Скорость тут не играет никакой роли. В частности, операционная система умеет кэшировать часто используемые файлы, и скорость диска оказывается совсем не при чем.
А вот подход с разделением на хидер и футер - неправильный и давно устарел.
Делить страницу надо не на хидер и футер, а на код и отображение. Потому что:
- во-первых, отдельно хидер и футер редактировать неудобно.
- во-вторых, иногда нам надо выполнить некоторый код ДО вызова хидера.
- в-третьих, у "середины" тоже должен быть свой шаблон - о чем многие начинающие разработчики забывают
В итоге страница должна собираться из трех частей:
1. Логика приложения. Должна выполняться ДО любого вывода, и хидера в том числе.
2. Общий шаблон сайта, который содержит в себе и хидер и футер. Вызывается после того, как отработала логика.
3. Шаблон конкретной страницы, который включается в общий шаблон сайта.
При такой структуре не составит никакого труда вместо страницы вывести сообщение об ошибке (при ошибке) или поменять формат вывода с HTML на JSON. Не говоря уже о смене дизайна.
Вариантов реализации может быть масса, пример самой простой, на чистом PHP, можно посмотреть здесь: http://www.phpfaq.ru/tpl#example
