По 1й проблеме
Саму vmware переустановить, папки с вм заранее скопировать самым обычным копированием и перерегистрировать на свежеустановленной vmware. Клон рование диска не нужно в принципе
По 2й проблеме
Презентовать реальный диск виртуалке в качестве реального диска. Гуглите "проброс диска vmware"