1. файл должен быть исполняемым (chmod +x в помощь)
2. без указания пути запускаются только файлы, размещенные в директориях, указанных в $PATH.
поэтому либо нужно все равно указывать путь, либо сделать симлинк в директорию из $PATH, либо если уже в директории с файлом, запускать как ./run.