То в в одном проекте на Laravel используется встроенный query builder, то Eloquent
одно другому никак не мешает. тут надо исходить из задач.
Максимально используем встроенный в Фреймворк функционал, так же построители SQL запросов. Типа Eloquent или встроенный query builder.
это верно.
Использовать встроенный шаблонизатор.
это не понятно.
Нельзя использовать в проектах свои самописные модули.
это тоже не понятно.
На самом деле весь регламент сводится к двум вещам:
1. общепринятый код-стайл и требования к документации.
2. все что угодно, что команда считает для себя приемлемым.