Во-первых, необходимо понять, что группы объявлений - это верхний уровень, контейнер. В этот контейнер помещаются фразы и объявления. Внутри контейнера фразы и объявления никак уже между собой не связаны. То есть по любой фразе в группе может быть показано любое объявление из этой группы. А если объявление в группе одно, то оно показывается по всем этим фразам из группы одинаково.
Во-вторых, чтобы в XLS-файле, который готовится для загрузки через Коммандер или интерфейс, разделить группы нужно использовать столбец "Номер группы". Все группы должны иметь уникальный порядковый номер.
В-третьих, попробуйте сначала завести кампанию через интерфейс. Создайте три группы объявлений, в каждую поместите свой набор фраз и свой набор объявлений. А потом выгрузите эту кампанию в XLS, чтобы уже на примере разобраться с шаблоном загрузки.