Decadal

Если вам не подходит с этой целью gitignore, то вы делаете что-то не так.
Заметки в коде или попадают в гит или не нужны вовсе. Для заметок для себя вы можете использовать средства IDE, там вроде есть возможность оставлять заметки не в основном файле с кодом.
Если вам нужно протестировать какой-то пакет, протестируйте его, не коммитя, а потом откатите или добавьте под гит.
Другого способа нет - представьте что файл, в котором вы сделали изменения, не добавленные под гит, поменял другой разработчик и при пулле эти данные пришли. Что будет в таком случае? Гит скажет "у вас незакоммичены какие-то изменения, закоммите их или откатите, иначе не сможете сделать пул".

Создать ветку: git checkout -b your_branch_name
После внесения изменений проверьте что они отслеживаются гитом: git status должен показать что-то красное (untracked files or modified files)
Если есть что-то красное - вы на правильном пути.
git add .- отметит все файлы в текущем репозитории как подготовленные к коммиту. В git status они будут зелёного цвета.
git commit -m "some commit message"- вот теперь вы закоммитили.
Если просто написать git push и ваша ветка перед этим не была на ориджин, в консоль выдаст сообщение вроде "такой ветки на ориджин не найдено. Чтобы запушить на ориджин, выполните команду ....(команда)."

Копируйте команду которую вам предлагают и выполняйте.
После этих действий в вашей ветке на ориджин гарантированно будет ваш коммит с изменениями

клонируйте мастер
Обычно мастер это ветка со стабильным, проверенным кодом, принятым на прод. Разработки других разработчиков ведутся в их ветках, и вам нет необходимости беспокоиться о самом последнем коммите куда-либо кроме мастера - потому что любой код в итоге либо попадет в мастер, либо будет отброшен.

Тоже через команды MySQL

есть агрегирующая функция COUNT в sql.
select COUNT (1) from completed_tasks ct WHERE ct.user_id= "конкретный айди пользователя"
если нужно считать по каждому пользователю, то есть способы сгруппировать записи по идентификатору пользователя, например GROUP BY ct.user_id
Если вы уже взялись за базы данных и PHP то знайте, что задачи статистики, группировки и всего такого - почти всегда лежит на базах данных и серверных языках.

if(!$node['parent']) {
      $tree[$id] = &$node;
    }

если у текущего элемента нет предка, значит, вы помещаете текущий элемент в $tree по ссылке. То есть, изменение этого элемента в $tree повлияет на $dataset и наоборот, изменив этот элемент в dataset вы измените tree.
рекомендую заменить первую строку в фрагменте кода, который я выделил, на if(!isset($node['parent'])) {
далее:
$dataset[$node['parent']]['childs'][$id] = &$node;

если предок есть (то есть, это не рутовый элемент), вы добавляете в изначальный dataset информацию о том, что у его элемента, идентификатор которого равен предку текущего элемента, есть child, и заносите туда текущий элемент. Поскольку перед этим вы сохранили в tree элемент node по ссылке, то эта операция также изменит и структуру переменной tree.
Обратите внимание, что, убрав & из выделенного фрагмента, вы получите тот же результат, что и с ним.

gitignore работает немного не так. В нём указываются файлы, которые вы бы хотели менять локально, но не хотели бы их загружать в гит.
А если в гите что-то изменилось, вы обязаны это получить к себе при git pull

Есть понятие Primary Email - это контактная информация, куда направляются все запросы (по смене пароля, уведомления и тд). При вашей архитектуре email в users является таким Primary Email, а в networks - список secondary emails. Не самое красивое решение в итоге, но у вас есть следующие варианты:
1) стянуть связанные соц сети и выбрать какой-нибудь email оттуда

$networks = $this->networkRepository->findBy(['clientId' => $command->clientId]);
foreach ($networks as $net) 
{
// здесь логика по которой вы решаете какой именно secondary email делать primary. 
// если решения нет (например нет ни одного акка с email), выбивать ту же ошибку что и при count === 1
}
// решение есть, значит получен некий email

//задаете новый primary, желательно перед этим проверить что нет юзера с таким праймари
$user->setEmail($email);

2) предложить пользователю самостоятельно выбирать Primary Email в случае если он пытается отвязать аккаунт

Сентри. Ставьте сентри, это как логи, только с удобными обертками.
https://sentry.io

Меня самого заинтересовал этот вопрос. Немного поискав, я нашёл такую информацию: в чистом виде PhpStorm, WebStorm и прочие продукты JetBrains не поддерживают перемещения вкладок хоткеями. Но есть плагин:
plugins -> TabMover.
он позволяет перемещать табы такой комбинацией - ctrl+alt+shift + left or right arrow на винде, на линуксе лично у меня такая комбинация не сработала из-за пересечения с системными комбинациями, пришлось использовать это: ctrl+win+alt+shift + left or right arrow

user_online - числовое поле или строковое? Типы данных скорее всего не совпадают. Поставьте кавычки в запросе.
SELECT COUNT(*) FROM users WHERE user_online = '1'

['cities', function ($attribute, $params, $validator) {
	if(is_array($this->$attribute)) {
		if(empty($this->$attribute)) {
			$this->addError($attribute, 'The array shouldnt be empty');
		}
	   foreach($this->$attribute as $item)  {
	      if(!is_int($item)) { 
	         $this->addError($attribute, 'The array contains not an integer values');
	         break; 
	      }
	   }            
	}
}],

"если анонимные функции в yii2 указывают в конфигах, значит их кто-то вызывает"

Создаете свой Grid - тогда создавайте и обработчик, который будет вызывать ключ tableName, предполагая, что он может быть Callable.

но мой вам совет - просто оставьте это строкой и делайте tableName => UserRecord::tableName()