вы точно настроили rewrite rules?
в папке web должен быть файл .htaccess с таким содержимым:
RewriteEngine on
# If a directory or a file exists, use it directly
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
# Otherwise forward it to index.php
RewriteRule . index.php
обратите внимание что в /etc/apache2/apache2.conf должны быть разрешены Override для той директории, где находится ваш проект (или где находятся все проекты):
<Directory /var/www/>
Options Indexes FollowSymLinks
AllowOverride All
Require all granted
</Directory>
UPD: как заметили в комментарии, mod_rewrite тоже должен быть включен:
sudo a2enmod rewrite
sudo service apache2 restart
