Настроенные цели в метрике работают исправно, зачем их прогонять через GTM
Тут скорее общие плюсы работы с GTM:
1. В случае надобности внесения изменений, вам не придется лезть в код сайта
2. Например партнеру или руководителю можно дать гостевой доступ для просмотра настроек, но при этом без возможности изменения самих тегов
3. Конечно же настройка самих целей в GTM в разы проще, учитывая наличие шаблонов тегов и переменных
4. Меньше кода на сайте. Обычно подключают сразу несколько сервисов аналитики (ga, ym, fp и тд). Соответственно лучшим решением будет добавление их с помощью GTM, нежели каждый код вставлять по отдельности, особенно если это какой-нибудь огромный сайт с кучей скриптов, тогда большую важность играет человеческий фактор - не то удалил, не то изменил, потерял и тд.
5. Как раз в случае внесения неправильных изменений, или после тестирования теории, в GTM можно легко откатить версию до предыдущей.