1) В GA вы возможно смотрите на количество
событий Клик по ссылке, а нужно смотреть на количество
целей именно.
Т.е. условно пользователь за сеанс может кликнуть по ссылке 6 раз, тогда
событие Клик по ссылке будет зарегистрировано в GA 6 раз, а
цель Клик по ссылке только 1.
2) Возможно вы неправильно настроили отслеживание целей в одной из систем аналитики.
и как мне отделить одну систему от другой? придется создавать utm метку и портить внешний вид ссылки в рекламе?
что вы имеете в виду под этим? причем тут utm-метка? Если уже разговор о рекламе в Директе и Ads пошёл, то конечно стоит добавлять utm-метки, дабы вести глубокую аналитику рекламных кампаний.