Было похожее, но с уведомлениями от БП. Не приходили уведомления о новых БП. Проблему нашел сам.
В мобильном приложении не приходили уведомления пока не зайдешь в него на телефоне. Из чата и ленты уведомления приходили.
Дело было в Типе уведомления (Отправка уведомления через модуль "Веб-Мессенджер" ), если выбрать "персональное без иконки" - то все работает, если "от системы" - не работает.