Crunkor

Выполните explain и узнаете. Будет видно и как глубоко ушли условия, и замену left join на inner join, и, вероятно, обратный порядок объединения таблиц.
view для планировщика прозрачен и планируется заново всё дерево запроса.

Версионость api. Обеспечивается может разными методами. Если старое api будет поддерживаться не ограниченное время, а анализ должен быть сквозным, то данные на слое ниже нужно сводить в один формат.

Если я верно понял задачу, то у вас база в одном формате, а данные приходят в разных.
Если это так, тогда вам нужно просто сделать 3 класса:
1 - преобразовывает данные в формате 1 во внутреннюю структуру (пригодную для сохранения в базу)
2 - преобразовывает данные в формате Х во внутреннюю структуру
3 - сохраняет данные из внутренней структуры в базу
Это стандартная практика для подобных задач.
Если вам будет нужно сохранять данные не в базу, а куда то еще, например в облако - вы просто добавите еще один класс, который умеет сохранять данные в нужном формате/на облако.

мне, новичку, очень понравился mustache - сейчас пытаюсь изучать thymeleaf, вижу, что он на порядок сложнее.

смотря какой вид проверки нужен - все случаи или до первой неудачной
для первого можно предложить Builder который собирает все нужные классы проверки и наружу смотрит только один метод fun check(): Result
для второго почти такой же билдер но с методом fun next(): Result и пока не null например, т.е. проверки закончились (или пока в Result не пришла ошибка)

@astral1004
попробуйте гуглить java write text to file example

Или я тупой, или CascadeType.ALL

Если нужно заполнять такие таблицы из других источников, то jdbc с batch insert (без hibernate), можно в несколько потоков.
Если запросы на выборку достаточно сложные, то предпочитаю использовать stored procedures, которые возвращают курсор. А этот курсор уже можно обрабатывать через hibernate.

По хорошему при определенном желании можно прикрутить любой шаблонизатор с которым работает Spring.
Но проще, по моему, Themeleaf.