Работал, как то на одном жирном клиенте. Была подобная ситуация. Даже сложнее. Паттерн стратегия определял тип инстанцируемого приложения.
Фич было очень много и некоторые деградировали периодически. Выбрали ворклоу - GitFlow. С нашими целями справлялся.
Рекомендую. Но не навязываю.
Вы уже определились хранением версий в гите. Осталось выбрать workflow. Предлагаю прочитать сравнение от Atlassian :
link
Выберете, что более подходит для ваших целей.
Спасибо.