Наличие тестов в разы упрощает рефакторинг, лишних ветвлений логики старайтесь избегать, разбивайте на разные методы, старайтесь не допускать рост кода вправо. Не делайте сильную вложенность, ветви в цикле и подобное. https://www.sonarsource.com/docs/CognitiveComplexi...
Вам надо прочитать про solid
Проблем по сути не много должно случится, сами файлы пересохранить думаю не проблема. Загоните все под git и ковыряйте. Проблемы в основном с выводом. Базу тоже переделать. Ну а там уже по мере поступления проблем чинить
Если используется шаблонизатор, то беды меньше
