Runit (но это аналог supervisord), весьма просто запуск в одну строку, умеет вести лог, запускать процессы от пользователя, в случае падения процесса поднять его, заменять init.d скрипты. насколько я помню написан на C и есть минимум ресурсов.
А чем консоль-то не удобно. С панелями ставятся всякие не нужные вещи. Домены на своем VPS по моему лишнее — DNS серверов навалом и свой держать не зачем. Через apt-get ставится все элементарно, а манов по настройке навалом. Напишите bash скрипт и будет вам автоматизация.
Не могу вам не чего сказать за apache, но на php-fpm + nginx я делаю так.
user = nginx
group = $pool # $pool равен группе пользователя в директории, которого храним сайт
Ну и chroot настраиваю.
При таких настройках для записи в директорию нам достаточно давать права 775, т.е. доступ будет только у пользователя в чей директории сайты nginx не сможет писать.
