Рассказать что за статья и думаю вам помогут.

А чем консоль-то не удобно. С панелями ставятся всякие не нужные вещи. Домены на своем VPS по моему лишнее — DNS серверов навалом и свой держать не зачем. Через apt-get ставится все элементарно, а манов по настройке навалом. Напишите bash скрипт и будет вам автоматизация.

Как интересно вы определите что там небольшой фрагмент кода? Порой результат половины рабочего дня умещается в пару строк кода.

Не могу вам не чего сказать за apache, но на php-fpm + nginx я делаю так.

user = nginx group = $pool # $pool равен группе пользователя в директории, которого храним сайт

Ну и chroot настраиваю.

При таких настройках для записи в директорию нам достаточно давать права 775, т.е. доступ будет только у пользователя в чей директории сайты nginx не сможет писать.