Изыди, дух Windows!
Это в винде права на файлы поставлены так, что все читают все за исключением некоторых мест. В линухе (даже в "дружественном" типа бубунты) - все наоборот. Пользователь имеет доступ ровно туда, куда ему дал рут. По умолчанию - это домашняя папка и /tmp. Причем в /tmp он тоже читает только свои файлы.
1. Еще могут пострадать файлы, принадлежащие пользователю, от имени которого запущена программа. Практика "приложение имеет своего пользователя" очень частая в линухе. Но не более. Никакие файлы системы, других пользователей, ядра тем паче - затронуты точно не будут.
2. Что значит "безопасный"? От какой опасности надо защищать?
3. chmod 0600/chmod 0700 ? Это защитит от всех других пользователей и демонов, кроме тех, что работают от рута.
Относительные параноики доверяют ядру и считают, что защиту, установленную правами 0700 взломать невозможно.
Полные параноики не доверяют ничему и работают на компе без интернета, за который никого не пускают :)