в phpinfo есть
«Loaded Configuration File» и «Additional .ini files parsed» в этих .ini можно изменить любые настройки.
Если выдает «On On» значит настройки глобальные а не ini_set в скриптах скрипте.
у Вас в fstab скорее всего error=remount-ro
и при ошибке в файловой системе он монтирует её в Read-Only
Перемонтировать обратно можно с помощью
mount -o remount,rw /
tunctl -u yourusername
в VM укажите для сети устройство tap0 (не знаю какая у Вас VM, знал бы — сказал точно что и как)
затем считайте что девайс tap0 это прямой провод в Вашу виртуальную машину.