Сайт целиком и полностью (и по документам) - Ваш. Спор может возникнуть по поводу контента, если он разрабатывался по договору. В этом случае достаточно удалить с сайта спорный контент.
Я только одного не понимаю - как ВУЗ заключает договор об обслуживании сайта, который им не принадлежит! ) Это как если бы они платили Вам за то, что Вы дома пылесосите ))