Вам может и пофиг, только файерволу нет - ftps имеет два режима безопасности explicit & implicit. От этого уже зависит какие порты открывать. Это раз. Во вторых, на самой железке может быть хелпер чтобы пробрасывать ftp/ftps. В третьих, в демоне нужно ограничить диапазон портов. И это вопрос как раз к вам, как к администратору. Так что, как говорила "дочь офицера" - "не все так однозначно". https://en.wikipedia.org/wiki/FTPS.
Похоже, что есть проблемы с материальной базой. Дебиан при установке новой версии пакета либо спросит про замену, редактирование и пр., либо положит новый файл рядом, либо переименует старый файл и поставит новый.
Я на это тоже уже ответил - обновлять пакеты до тех пор пока не перестанет ругаться. До тех пор пока вы пользуетесь пакетами для своей версии ОС риск сломать что-то минимален. Вообще это крайне непонятная идея делать все руками как 30 лет назад и не использовать apt.
Вы вообще ИМХО не с того конца заходите. Дано - изолированная система с определенной версий ОС. Нужно - установить определенные дополнительные сервисы.
Решение 1. Пойти в репозиторий данной версии ОС, взять нужные пакета, перенести на сервер и установить dpkg.
Решение 2. Использовать любой вариант контейнернов. Подготовить уонтейнер с ныжными сервисами, перенести на сервер, запустить.
Ни в 1, ни в 2 ваши проблемы не возникают.
А в чем проблема ставить приложения через dpkg? dpkg -i имя.deb. Если выдает ошибки, переписать пакеты зависимостей, повторить операцию для них и основного пакета и так до тех пор, пока все не установиться.
Написать свое приложение, проверяющее зависимости и выполняющие функции apt. Если нужно выполнить какие-то действия, их нужно выполнить, заклинания не помогают.
Представления не имею что такое composer. Вам видимо следует проконсультироваться с документацией на эту программу. Если это то что я думаю (php), то php работает через сокс и в частности через тор.
Интересно как оно дойдет до .htaccess без настройки DNS? И что дает потом писание в .htaccess, если запросы уже пришли на данный хост? Искусственно создать несоклько доменов на одном хосте, а потом их объединить через .htacess? Схоластика какая-то ИМХО.