Ну это и есть признаки новичков, когда переваривается плохо.
Помню сам в начале никак не мог понять всякие активити, интенты и так далее, но с практикой все потихоньку начал понимать.
Кстати тоже с web переходил на android.
Просто смотрите уроки, повторяйте, пытайтесь что-то свое сделать и вместе с этим эти ощущения пропадут потихоньку.
Хотя..у меня все еще бывают ощущения, что не так делаю, не так пишу и так далее, с опытом переписываю старый код - это обычная практика, писать и переписывать со временем :D (хотя как минимум у меня так)