Mike Evstropov

для внутреннего потребления - генерируем документацию по комментариям.
для внешнего потребления - первый пункт доводится до нужного состояния специальными людьми.

1) Без регулярных выражений

var result = classes.split(' ').filter(function(substr) {
	return substr.indexOf('-vol-') < 0;
}).join(' ');

2) "Жадный" поиск

var result = classes.replace(/\s([^\s]+?)-vol-([^\s$]+)/g, '');

3) "Ленивый поиск"

var result = classes.replace(/\s([^\s]+?)-vol-([^\s$]+?)\b/g, '');

Живой пример

Источники
regex101.com
Жадные и ленивые квантификаторы

console.log(
    a
        .split(/\r?\n/)
        .filter(function(line) {
            return line.match(/^[^#]/);
        })
);

$start = microtime(true);
for($i=0;$i<10000;$i++){
	$a = 0;
	if ($a < 1) ++$a;
}

$time = microtime(true) - $start;
printf('Time %.4F s.', $time);

$start = microtime(true);

for($i=0;$i<10000;$i++){
	$a < 1 && ++$a;
}
$time = microtime(true) - $start;
printf('Time %.4F s.', $time);

Вариант 1: Time 0.0008 s.
Вариант 2: Time 0.0010 s

архивируйте с использованием tar+gzip
tar сохраняет POSIX права доступа

что-то не так делаете с ионкубом: на рынке полно достаточно сложных систем с кучей зависимостей спокойно работающих под ним.
да и мой личный опыт (правда давно это было) показывает что оно так и есть.

лично я считаю защиту пхп-исходников совсем дурной затеей.

попробуйте

curl_setopt($ch, CURLOPT_HEADERFUNCTION,  array('ClassName', 'CallbackMethod'));

и/или

curl_setopt($ch, CURLOPT_HEADERFUNCTION,  'ClassName::CallbackMethod');

функции по дефолту находятся в глобальном пространстве.
вам необходимо только их подключить.

Раз пошла такая пьянка (не удаётся кэшировать обращения к чужому серверу), то вот возможные варианты:

1. По возможности кэшировать select из Вашей базы в memcache или куда-то ещё, чтобы каждый раз не подключаться к БД (есть не очень большая, но вероятность, что поможет);
2. Перенести скачивание и парсинг страниц стороннего сайта (а, может, и select к базе заодно) на другие виртуальные машины (может, даже в другом дата-центре, чтобы не забивать канал), балансируя нагрузку между ними (например, по результату выполнения функции mt_rand обращаться то к одной машине, то к другой, то к третьей - количество подобрать экспериментально).

Важно учесть то, что владельцам стороннего сайта большой трафик с нескольких ip может и не понравиться.

https://blackfire.io/ - для профилирования кода.

В целом первым делом надо думать над кешированием результатов парсинга, если это возможно, а не лазать каждый раз на удаленный сервер и т.д. Подозреваю что у вас именно так, и это и сжирает 99% времени.

Правильно вам хостер говорит, скорее всего, проблема именно в скрипте.
Ну а поскольку скрипт вы не привели, обсуждать больше нечего.
Хотя нет, можно ответить на заглавный вопрос - используйте xhprof.

Может быть, стоит заменить QueryPHP на регулярные выражения или стандартный DOMDocument. Но это несёт свои ограничения, как правило, парсить html регулярками - плохая идея.

Как-то так работоспособность не проверял, не где, могут быть ошибки пиши исправим
Если singletone не нужен можно выбросить

<?php 
 class QueryDB extends PDO{
     private static $_instance = null;
     private function __construct ($host, $dbname, $username, $pass) {
         parent::__construct('mysql:host=' . $host . ';dbname=' . $dbname, $username, $pass);
     }
     private function __clone(){}
     public static function getInstance($configDB){
         if (self::$_instance === null) {
             self::$_instance = new self($configDB['host'],$configDB['db'],$configDB['user'], $configDB['pass']);
         }else{
            return self::$_instance; 
         }
     }
     protected function getDbObject(){
         return $this->_instance;
     }
     public function select ($query='', $Parametrs=null) {
         $pdo = $this->getDbObject();
         $sth = $pdo->prepare($query);
         if ($sth->execute($Parametrs)) {
            return $sth->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);
         }else{
             throw new Exception('Запрос не выполнен'); 
         }
         
     }
     public function insert($table='', $fields=array()) {
         $pdo = $this->getDbObject();
         // для наглядности вообще так делать не стоит
         $values = 'VAlUES(';
         $keys = '(';
         foreach($fields as $key=>$val){
             $values .=$val . ',';
             $keys .=$key . ',';
         }
         trim($values,',');
         $values .= ')';
          trim($keys,',');
         $keys .= ')';
         // конец лапшы
         $sth = $pdo->prepare('INSERT INTO `'.$table.'` '. $keys. ' ' .$values );
         return $sth->execute();
     }
     
 }

Храни сессии. Где хочешь. В БД, в редиске, да хоть в файлах.

P.S. Сравнение с авторизацией в "похапэ" некорректное.

Есть

$ python3 -c "import this"
The Zen of Python, by Tim Peters

Beautiful is better than ugly.
Explicit is better than implicit.
Simple is better than complex.
Complex is better than complicated.
Flat is better than nested.
Sparse is better than dense.
Readability counts.
Special cases aren't special enough to break the rules.
Although practicality beats purity.
Errors should never pass silently.
Unless explicitly silenced.
In the face of ambiguity, refuse the temptation to guess.
There should be one-- and preferably only one --obvious way to do it.
Although that way may not be obvious at first unless you're Dutch.
Now is better than never.
Although never is often better than *right* now.
If the implementation is hard to explain, it's a bad idea.
If the implementation is easy to explain, it may be a good idea.
Namespaces are one honking great idea -- let's do more of those!

Метод класса нужно объявить статическим, тогда для его использования можно не создавать объекта класса.

class Test(object):

    @staticmethod
    def test():
        print("test")

if __name__ == "__main__":
    Test.test()

Конечно! ТЫЦ

>>> class Test:
  a = 5
>>> globals()['Test']()
<Test object at 0x7f73aade9cc0>

Создайте в директории файл __init__.py

Mike Evstropov: Python распознает папку с таким файлом как пакет модулей. Можно сделать так:

import sys
sys.path.append('/module/')
# в папке module есть файл __init__.py и moduleBest.py
# делаем импорт
from module import moduleBest

В обычном цикле делайте импорт при помощb importlib или imp