Отвечу кратко, используйте
Trello - Играет роль таск менеджера, и там отлично можно делать спринты по агиле. Сейчас напилино очень много разного рода интеграций для Трелло и Slack + Trello, тоже хорошо работал.
Для гит - ставьте на дев сервера -
GitLab или смотрите в сторону платного аккаунта на GitHub или BitButcket.
Баг трекер используйте из GitLab/GitHub Issue, ибо банально легко можно отслеживать как так провигается когда кто-то делает коммит с #issue_id.
Ну и система коммуникаций, должна быть на высоте! Я бы брал бы
Slack.
Если нравится продукция Atlassian смотрите в сторону Jira, BitButcket и HipChat.
Но для меня лично лучше всего подходит GitHub, Trello, Slack и всё.