В QR коде много избыточной информации. Её место можно использовать под свои цели.
Примерный алгоритм для реализации того, что вам нужно:
1. Сделать QR-код со ссылкой на сайт "для всех".
2. В этом QR-коде закодировать информацию, которую будет читать только ваше приложение.
Таким образом, все приложения будут читать ссылку на сайт, а ваше - нужную информацию.