AndrewStephanoff

Ещё есть asana, вроде интерфейс неплох, но сам я не пользовался.

Можно обратить внимание на redmine

Для девелопмент сервера (devname.sendbox.site.ru) я использую схему reverse-proxy: основной apache2 обслуживает виртуальные хосты и проксирует все запросы вида project.developer.dev.example.com на второй apache2, который резолвит хост project.developer.dev.example.com в путь /home/developer/vhosts/project.htdocs.
Такая схема позволяет использовать несколько версий php5 (достаточно их собрать, сделать новые скрипты запуска и добавить правила) и позволяет создавать новые хосты безе перезапуска apache2.
Для деплоя на qa у нас настроен Jenkins job.

можно еще кешировать блоки в nginx или varnish, а если хватает средств — Akamai :)

можно использовать Ant или самому написать deploy-скрипт

Я использую публичные методы для Entities, т. е. объектов, отражающих сущности системы, например, объект «User»

$user->id = 1;
$user->username = 'user';
$user->firstName = 'First name';
$user->lastName = 'Last name';

Здесь ребята пробовали собирать Zend Framework — выводы неоднозначны

Eclipse + plugins