Для PHP — любую удобную SCM(SVN/Git/Mercurial), для БД — использовать какое-нибудь решение для миграций, или написать свой простенький аналог. К примеру, хранить нужные изменения в файлах, и в отдельном файле(например, .migrations) держать список уже выполненных миграций.