это все очень сильно зависит от того, какая область применения
если сервер - это одно, если десктоп - то другое, тут варианты:
если среда разработки - то под какие IDE,
если офисное применение - то все просто, система почти что на 100 кастомизируется, надо просто гуглить то, как конфигурируются файлы настроек, т.к. система в 100 раз богаче чем винда (не говоря уж про макось) в плане натроек, просто их нет в GUI, и все настраивается через редактирование нужных конфигов, вот и надо гуглить какой конфиг за что отвечает.
хотя конечно не так давно появился dconf и compiz, через них все можно и в GUI настроить (ну ладно, не все, но многое, что отвечает за GUI)
а, ну и wine конечно, потому что рано или поздно надо будет какую программу или игрушку для Windows запустить
samba - в домашней сети файлы расшаривать, vpn, да много чего
вообще - лучше сюда:
https://forum.ubuntu.ru/index.php