Карты Кохонена тут вообще ни при чём, есть общее правило. Одна часть данных для обучения (training), допустим, 80%. Ещё 10% - validation (для проверки).
Во время обучения ошибка у training уменьшается. У validation, как правило, ошибка больше но тоже снижается. А с некоторого момента начинает расти, в то время, как у training продолжается "улучшение" (но это пошло переобучение). Вот и берёте параметры, где минимум у validation, и проверяете на остальных 10% (test).