Отвечал по подобной теме в
http://habrahabr.ru/qa/12403/#answer_53469 — но и здесь уже все тоже самое проговорили.
Реально использование любого софта для записи, как правило, упирается в то, что на бумаге быстрее :) вот только хранить неудобнее. Реально идея всегда сводится к диаграмме (набросать взаимодействие) или outline'у (набросать структуру). Не видел, чтобы кто-то заморачивался полноценными текстом для описания идей. А значит легкость работы на экране должна быть равна легкости работы карандашом на бумаге.
Сложность поиска — ИМХО надуманная проблема. В любой системе есть таги или полнотекстовый поиск. Такой объем идей, что основные слова или словосочетания встречается в слишком большом числе вариантов, в одиночку сгенерировать практически невозможно — такой объем достигается трудом десятков человек. Ни разу не слышал жалоб.