Отвечал по подобной теме в http://habrahabr.ru/qa/12403/#answer_53469 — но и здесь уже все тоже самое проговорили.

Реально использование любого софта для записи, как правило, упирается в то, что на бумаге быстрее :) вот только хранить неудобнее. Реально идея всегда сводится к диаграмме (набросать взаимодействие) или outline'у (набросать структуру). Не видел, чтобы кто-то заморачивался полноценными текстом для описания идей. А значит легкость работы на экране должна быть равна легкости работы карандашом на бумаге.

Сложность поиска — ИМХО надуманная проблема. В любой системе есть таги или полнотекстовый поиск. Такой объем идей, что основные слова или словосочетания встречается в слишком большом числе вариантов, в одиночку сгенерировать практически невозможно — такой объем достигается трудом десятков человек. Ни разу не слышал жалоб.

Здесь подняты два связанных вопроса на самом деле
1) в какой форме организовать свои знания
2) каким софтом для этого пользоваться

По первому вопросу подходов мне известно три
1) гипертекстовые категоризированные заметки — написал/нарисовал/скопировал и сохранил. Это базовый подход для описания какой-то сущности.
2) outline — помесь иерархического списка и таблицы. Удобен для top-down планирования, детализации и организации. Выглядит примерно как
1. Intro 12 slides 23 min
2. Overview 10 slides 15 min
2.1. Aspect X 3 slides 5 min
3) mindmap — по сути дела граф. Удобен для представления связей между пока непонятно как организованными сущностями

Хранение в бумажной форме вряд ли вызовет много вопросов, другое дело софт. Что пробовал и могу рекомендовать:

Evernote (cross-platform) — простые заметки с простой категоризацией, бесплатен в ограниченном варианте (но PDF в заметку не загрузить), сохранение данных на сервер, доступ с массы платформ (Windows, Mac, коммуникаторы + Online), легкое сохранение контента через почту или браузер. Outline и mindmap нативно не поддерживаются.

MS Onenote (Windows) — довольно прокачанные заметки, с развитой системой тагов на каждый пункт, поддержкой простых outline'ов, интеграция с MS Outlook, возможность делать заметки «на полях» поверх готового документа и тп. Можно сохранять на MS live.net и появилось приложение для доступа с iPhone (может есть уже и под другие платформы — не знаю точно). Технически бесплатен (не требует отдельной лицензии), хотя входит в MS Office.

OmniOutliner (Mac) — довольно мощный платный софт именно для работы с Outline'ами

MindManager (Windows) — платный софт (есть триал) по работе с MindMap. Самый удобный и мощный из тех, с которыми я сталкивался. С одной непонятной областью разбирался именно в нем — набросал и описал отдельные объекты, потом расставил взаимосвязи.

Пробуйте. Решайте, что вам больше подойдет.