Александр

Повторение - мать учения. К тому же, иногда те же знания, но поданные под другим углом или в иной манере, раскрываются полнее. Так что перечитывать.

Когда мы пытаемся выполнить команду (впринципе без разницы какую, пускай будет ls -la) (пункт 4)
делаются ли какие-то дополнительные проверки на сервере с точки зрения безопасности?

Нет. Пользователь зашедший по ssh ничем не отличается от обычного локального пользователя.

Может кто-то подскажет какой алгоритм выполнения команды на удаленной машине? (При условии что мы уже подключились к серверу).

Достаточно посмотреть в вывод команды pstree:

├─sshd(700)─┬─sshd(8208)───sshd(8214,jcmvbkbc)───bash(8215)───ssh(8231)
│           └─sshd(8232)───sshd(8238,jcmvbkbc)───bash(8239)───pstree(8244)

чтобы понять, что после подключения по ssh, sshd (демон ssh, процесс 8238) запускает login-shell (процесс 8239), который показывает приглашение ввода ($). Когда в нём набирается команда pstree (процесс 8244), шелл просто запускает эту команду.

Актуально в общих описаниях системы - layout, порты, порядок загрузки и инициализации системы, необходимость и порядок пересборки ведра. Неактуально для порядка обновления портов, для поддерживаемого оборудования, для Х.
Вообще можно сказать так - если не совпало с книгой - значит, в этом месте она устарела. Ну и вообще - изучать UNIX по книгам - это примерно то же, что учиться играть на гитаре ... без гитары :D

По вашей схеме никак не получится. Если только сменить айпи адреса и новый роутер свзяать со старыми роутерами адресами из другой сети. Или же поставить между тремя роутерами свич и от каждого роутера по одному кабелю в свич, так вы сможеет связать их в одну сеть.

P.S. У меня такое чувство, что вы не знаете как работает IP и что это за циферки и почему именно они, а не другие :) Лучше начать учить заново и постепенно, а не с середины.

будут потеряны - будет инициализация нового раздела на уровне системы, и другая "геометрия" на низком уровне

ps даже если вы сумеете потом что то обнаружить на новом томе, это будет не норма, а скорее аномалия. сохраняйте важные данные при любых манипуляциях с файловыми системами

Можно реализовать на виртуалках.

весьма странно платить за ресурсы и их не использовать.
другими словами: 30% - это не нагрузка. вот когда будет перманентно больше 80, уже можно задумываться.

хотя нагрузка складывается не только из проца.

Конкретно CCNA (думаю Вы имеете ввиду Routing & Switching) - вы получите отличные знания по сетевым основам. Не обязательно даже сдавать - дороговато по 300 зеленых за попытку, если сдавать сразу за раз, но для работодателя это будет гарантией, что с Вами есть о чем говорить в плане сетей. Конечно если в своей деятельности Вы не работаете активно с сетевым оборудованием - то знания довольно быстро выветрятся, но понимание принципов останется.
У меня был коллега, который не настраивал сеть (только роутеры в маленьких конторах) - он отходил на курсы по подготовке. Я так и не понял что он там делал, т.к. на практике были проблемы даже в базовых понятиях - однако мне они очень помогли упорядочить знания, но опять же, сам уже админил параллельно сеть на цисках и курсы изучал по Одому самостоятельно. Если сертификат не цель, а с сетью плотно не работаете сейчас - почитайте/посмотрите/повыполняйте "Сети для самых маленьких" (есть цикл на хабре, выросли в самостоятельный проект linkmeup.ru). Наиболее удобное и доходчивое преподнесение основ, для старта пожалуй лучшее решение на русском.

Пишите код.

Да, будет.

Другое дело, что в некоторых случаях, вам не нужен VPN, достаточно HTTPS.

От чего HTTPS не защищает - он не защищает от того, что все, кто слушают трафик, будут знать, какой сайт вы открываете, но не смогут узнать, что вы от этого сайта получили / передали.