Итак, что в итоге сделано для успешного переноса Zabbix.
1) На новом сервере развернул Zabbix той же версии.
-скопированы конфиги, алерт-скрипты, внешние скрипты
-"стандартная" база данных развернута на системных HDD, по стандартному пути /var/lib/mysql
2) На старом сервере сделал бекапы через innobackupex, mysqldump.
3) На обоих серверах остановил mysql, файлы из /var/lib/mysql старого сервера скопировал в ту же папку на новом сервере.
4) Запустил на новом сервере mysql. Запустился. Делаю mysql_upgrade - утилита менее чем за минуту проверила все таблицы базы на совместимость с новой версией MariaDB (на старом была 10.0, на новом 10.1). Отлично
5) Перенес SSD из старого сервера в новый, собрал из них RAID1 (на старом сервере HP контроллер, на новом mdadm).
6) Смонтировал RAID в папку (/srv/ssd, можно в любую пустую), скопировал в /srv/ssd/mysql "проверенные" данные из /var/lib/mysql.
7) Очистил /var/lib/mysql, примонтировал туда /srv/ssd/mysql.
6) Запустил mysql - работает.
7) Остановил старый сервер, назначил новому серверу ip старого, чтобы не перенастраивать тысячи zabbix-агентов.
8) PROFIT!
Всем спасибо за советы!